三清[元始天尊、道德天尊、灵宝天尊]都是上古天皇氏时代的修行者。

相传盘古治世, 功成崩逝, 灵魂脱壳而出,离开身体, 一灵不昧,游行于空中, 因念游魂无赖, 必须再凭父母精炁成形, 投胎转世,方不失本来面目, 如不从胞胎孕育,终是清虚之炁而已, 有一次灵魂随风飘至弗于逮, 见一太元圣女, 四十馀岁, 抱守贞节, 独自在嵯峨山中, 餐霞伏炁, 保液养神, 圣女每天到峰头採取日月精华, 盘古喜其贞节, 趁太元圣母仰天呼吸之际, 化为清光, 投进她的口中, 怀孕十二年, 始化生于脊旅之间, 卽是元始天尊。

元始天尊生下, 即能言语走动, 常有彩霞护体, 修行百岁, 有瑞气熏达, 当时玄玄上人[外星人]重入银河系, 返回地球, 传授元始天尊赤丹、金精、石景、水母、玉胞之法, 与太霄五品无极玄真之道, 然后飞回宇宙。

元始天尊依法修行, 又经百年, 大道完成, 因其前世是盘古, 乃号元始。当时三皇御世 [天皇氏. 地皇氏. 人皇氏], 元始澹泊无为, 以上智之慧, 云游天下, 于峨嵋山传授泰一皇人三一真道 ; 于太白山传授皇覃二景灵符; 于衡山之野, 传授云阳道人玄理 ; 于具茨之墟, 传授黄盖童子丹元 ;于泰山向盘古五世孙金蝉氏、金虹氏讲道; 又令五龙氏分司五方 ; 令黄神氏守中土 ; 天皇氏、地皇氏、人皇氏皆知元始天尊为太极真王, 共执弟子礼。

元始天尊认为地球尘环多腥秽, 遂携带天皇氏、人皇氏同入宇宙太虚, 寻找玄玄上人,但天皇氏、人皇氏不耐宇宙环境,元始天尊遂让天皇氏居紫霄钧天的紫微星[北极星], 主宰人类所处的本银河系, 为近宇宙天的万星主人。

又让周御国王、摩利支天道母. 人皇氏兄弟各居一炁梵天的北斗九星, 众星四面旋绕, 随斗枢转度。

元始天尊自已继续向其他银河系寻找玄玄上人,最后居于三十六天之上的清微天玉清境。天尊之体常存不灭，至天地初开，授道屉劫度人。他主宰和像徵宇宙混吨初显、阴阳未判的第一个大世纪，道教称为“混元”时期。

玉清圣境。清微天宫。鬱罗萧台之中。森罗淨泓之上。现有三宝。具无极之神通。敷演真玄。破无有色空之碍。拯提趣类。绝智愚高下之分。妙用难窥。灵机罔测。大悲大愿。大圣大慈。无量度人。元始天尊。